조합원 입주권 양도, 꼭 알아야 하는 것은?

📌 이 글은 2026년 10월 기준 현행 「소득세법」을 바탕으로 업데이트되었습니다(최종 업데이트: 2026년 10월). 세법은 개정될 수 있고 개별 상황에 따라 결과가 달라질 수 있으니, 양도 전 최신 내용을 다시 확인해 주세요.

먼저 결론부터 말씀드리면, 조합원 입주권을 양도할 때의 양도세는 '관리처분계획 인가일'을 기준으로 양도차익을 나누어 계산하기 때문에 일반 주택을 양도할 때와 세금이 크게 달라질 수 있습니다. 다만 요건을 갖추면 입주권도 비과세가 가능하니, 양도 전에 본인의 상황을 꼭 확인해 보시기 바랍니다. (세금은 개별 상황에 따라 달라질 수 있습니다.)

이런 분들께 특히 필요한 글입니다

• 재건축 단지에 20년 넘게 살다가 관리처분계획 인가가 난 뒤 매도를 고민하고 있는 분

• 아직 기존 집에 살고 있어서 입주권이 아니라 주택을 파는 것이라고 생각하고 계신 분

• 다른 조합원에게서 입주권을 사서 보유 중인데, 장기보유특별공제를 받을 수 있는지 궁금한 분

• 집 1채와 입주권 1개를 함께 가지고 있어, 어느 쪽을 먼저 팔아야 비과세가 되는지 확인하려는 분

조합원 입주권의 양도세

1970년도 산업화에 따라 대량으로 공급되었던 도시와 건물이 점차 노후화 됨에 따라 이를 체계적이고 효율적으로 재정비를 하는 경우가 있습니다. 정비의 범위와 사업의 특성에 따라 ‘주거환경개선사업’, ‘재개발사업’, ‘재건축사업’ 등 사업이 나누어지게 되는데요. 이때 개발로 인해 구주택을 멸실하게 되면 해당 주택을 소유하고 있던 사람에게 새로운 주택에 입주할 수 있는 권리를 부여합니다. 이것이 우리가 흔히 알고 있는 ‘조합원 입주권’입니다.

조합원 입주권이란?

도시정비법 등에 따른 재건축, 재개발 사업에 의해 취득한 ‘입주자로 선정된 지위’를 의미합니다. 즉 토지나 건물 같은 부동산이 아닌 신규 주택의 입주자가 될 수 있는 권리 그 자체를 말하는 것입니다.

세법에서는 언제 구주택이 조합원 입주권으로 변동되는 것으로 판단할까요? 그리고 그렇게 변동이 된다면 과세에 있어 어떤 차이가 생기게 될까요?

잊지 말자, 관리처분계획인가일

도시정비법을 대표로 설명드리자면 도시정비법은 다음과 같은 절차로 진행됩니다.

정비구역 지정 → 조합설립 인가 → 사업시행계획 인가 → 관리처분계획 인가 → 이주·철거·착공 → 준공 → 이전고시 → 청산·조합 해산

여러 단계 중 가장 눈여겨 보아야하는 단계는 바로 관리처분계획 인가입니다. 관리처분계획 인가는 조합 등 사업 시행자가 분양신청 현황을 근거로 관리처분계획을 수립하고 시장이나 군수로부터 인가를 받는 절차를 의미하는데요. 양도세에서는 바로 이 관리처분계획 인가일이 구주택이 입주권으로 바뀌는 시점입니다.

따라서 주택이 멸실되거나 철거되지 않았고 관리처분계획 인가일 당시에는 대부분의 소유자가 구주택에 여전히 거주하고 있더라도 관리처분계획 인가일이 지나고 나면 소유주는 주택을 소유한 것이 아니라 권리를 소유한 것이 되는 것입니다.

다만 위 설명은 도시정비법에 따른 재건축·재개발 기준입니다. 가로주택정비·소규모재건축·소규모재개발·자율주택정비 같은 소규모주택정비사업은 '사업시행계획 인가일'을 기준으로 입주권 여부를 판단하므로, 본인의 사업 유형을 먼저 확인해 보세요.

이날부터 달라지는 것은 실물 부동산이 부동산에 대한 권리로 바뀌는 단순한 내용이 아닙니다. 이를 양도하게 되면 그 세액이 완전하게 달라지기 때문입니다. 관리처분계획 인가일이 되면 조합원의 구주택에 대한 평가액(관리처분계획 등에 따라 정해진 가격), 그리고 분양가 등이 확정되고 이후 이를 양도하게 되면 ‘입주권’에 대한 양도로 보아 일반적으로 우리가 주택을 양도했을 때 사용하는 산식과 다른 방법으로 양도세를 구하게 됩니다.

참고로 업계에서는 평가액에 '비례율'을 곱한 금액을 '권리가액'이라고 부르지만, 양도세 계산에서는 권리가액이 아니라 관리처분계획 등에 따라 정해진 기존 건물과 그 부수토지의 평가액을 기준으로 합니다.

입주권에 대한 양도세는 완전히 다릅니다

아까 잠깐 언급했던 것처럼 일반적으로는 관리처분계획 인가일에도 여전히 주택에 거주하고 있기 때문에 본인이 양도한 것이 주택이라고 생각하시고 세무사를 찾아오시는 경우가 많습니다. 일반적인 주택의 양도세는 양도가액에서 취득가액을 빼는 단순한 산식을 사용하다 보니 양도세를 모의계산 해보기가 용이합니다.

하지만 입주권의 양도는 그 양도차익을 구하는 산식부터가 아예 다르다 보니 이를 예측하지 못하고 양도가 끝난 뒤 세무사를 찾아주시는 분들이 있습니다. 보통 오래 거주한 재개발이나 재건축 부동산의 경우 양도 차익이 상당히 크기 때문에 양도세도 크게 차이가 날 수 있습니다. 동일한 양도금액을 가지고 주택이었을 때와 비교해 보면 입주권이라는 이유로 양도세가 수천만 원에서 억 단위까지 차이가 날 수 있어요. (실제 금액은 양도차익, 보유기간 등 개별 상황에 따라 달라집니다.)

입주권의 양도세가 높은 이유

입주권 양도의 양도세가 일반 주택의 양도세보다 높은 이유는 양도차익을 두개로 나눠서 산정하기 때문인데요. 관리처분계획인가일전 양도차익에 대해서는 주택과 동일하게 취급하여 계산하고, 관리처분계획인가일 이후에는 입주권에 대한 양도차익을 계산하기 때문에 그렇습니다.

일반적으로 오래 거주하거나 보유한 부동산에 대해서는 ‘장기보유특별공제’라는 공제 혜택이 있는데 주택 상태라면 전체 양도차익에 대해서 해당 공제 혜택을 적용하지만 입주권의 양도라면 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대해서 장기보유특별공제 공제혜택을 적용합니다. 즉 공제 혜택이 많이 줄어들게 되고 결과적으로는 양도소득금액이 매우 커질 수 있습니다.

장기보유특별공제는 원조합원인지 승계조합원인지에 따라서도 달라집니다. 자세한 공제율은 장기보유특별공제 알아보기에서 확인하실 수 있습니다.

※ 입주권이 아니라 완공된 신축 주택 상태로 양도하면 보유기간 계산 방식이 달라집니다.

이렇듯 하루의 날짜 차이로 세금이 수천만 원에서 억 단위까지 달라질 수 있기 때문에 재개발이나 재건축과 관련된 양도를 진행하시는 경우에는 반드시 사전에 세무사를 찾는 것이 매우 중요합니다. 빠르고 정확한 상담을 통해 미리 예상 세액을 진단해 보는 것은 추후 자금 흐름을 정확하게 예측해서 대비할 수 있을 뿐 아니라 절세로 갈 수 있는 가장 확실한 첫걸음이라고 할 수 있겠습니다. 양도 계약 전에 예상 세액이 궁금하시다면 혜움에서 양도세 상담받아 보세요.

입주권도 비과세가 될 수 있습니다

입주권이라고 해서 항상 세금을 내는 것은 아닙니다. 아래 요건을 모두 갖추면 비과세가 가능합니다.

• 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업은 사업시행계획 인가일, 인가 전에 기존 주택을 철거했다면 철거일) 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 기존 주택을 소유한 세대일 것 (원칙적으로 인가일까지 기존 주택 보유기간 2년 이상, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주기간도 2년 이상)

• 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없거나, 또는 입주권 1개와 주택 1채(분양권은 없음)만 보유하면서 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 양도할 것

조합원에게서 입주권을 사서 취득한 경우(승계취득)에는 인가일 당시 기존 주택을 소유하고 있지 않았으므로 이 비과세 요건을 충족하기 어렵습니다.

단, 양도 실거래가가 12억 원을 초과하면 전액 비과세가 되지 않고, 양도차익 중 12억 원 초과분에 해당하는 비율만큼 과세됩니다. 1세대 1주택 비과세의 기본 요건은 1세대 1주택 비과세 정리에서 확인해 보세요.

입주권은 주택 수에 포함됩니다

입주권을 가진 상태에서 다른 주택을 양도하면, 입주권도 주택 수에 포함되어 1세대 1주택 비과세를 받지 못할 수 있습니다. 분양권도 마찬가지로 주택 수에 영향을 줍니다. (분양권 자체의 세금은 분양권 양도세 정리를 참고하세요.)

• 1주택+입주권 보유 특례: 종전 주택을 취득하고 1년이 지난 뒤 입주권을 취득했다면, 입주권 취득일부터 3년 안에 종전 주택을 양도할 때 1세대 1주택으로 보는 특례가 있습니다. 3년이 지났더라도 ① 신축 주택 완공 후 3년 안에 세대 전원이 이사해 1년 이상 계속 거주하고(취학·근무·질병 요양 등 부득이한 사유는 일부 예외), ② 신축 주택 완성 전 또는 완성 후 3년 안에 종전 주택을 양도하는 요건을 모두 충족하면 특례가 적용될 수 있습니다.

• 그 밖의 예외: 사업 기간 중 거주하기 위해 취득한 대체 주택 등 별도 특례가 있습니다.

• 위 특례는 입주권이 있는 경우에 적용되는 규정으로, 주택과 주택 사이의 일시적 2주택 특례와는 기간과 요건이 다릅니다. 두 규정을 섞어 판단하지 않도록 주의하세요.

보유기간이 짧으면 세율도 높아집니다

양도 후 신고는 언제까지 하나요?

양도소득세는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 해야 합니다. 확정신고까지 포함한 전체 신고 절차는 양도소득세 확정신고 정리를 참고하세요.

Comment세무법인 혜움

조합원 입주권은 관리처분계획 인가일을 하루 넘기는 것만으로 주택이 아닌 권리로 바뀌어, 장기보유특별공제 범위와 비과세 판단이 모두 달라집니다. 아직 기존 집에 살고 있더라도 인가일이 지났다면 입주권 양도로 계산되니, 계약 전에 인가일과 보유 주택 수를 먼저 확인하고 예상 세액을 따져 보시길 권합니다.

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