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세무조사 대상은 어떻게 정해질까? 정기·비정기 선정 기준과 국세청이 보는 자료

작성: 혜움 콘텐츠팀 · 감수: 이재희 세무사 · 2026.10.11

세무조사 대상은 어떻게 정해질까? 정기·비정기 선정 기준과 국세청이 보는 자료

📌 이 글은 2026년 10월 기준 현행 「국세기본법」·「특정 금융거래정보의 보고 및 이용 등에 관한 법률」을 바탕으로 업데이트되었습니다(최종 업데이트: 2026년 10월). 세법은 매년 개정될 수 있으므로, 중요한 결정 전에는 최신 내용을 확인하거나 전문가 상담을 받으시기 바랍니다.

결론부터 말씀드리면, 세무조사 대상자 선정은 크게 세 가지 방향에서 살펴볼 수 있습니다.

  1. 정기 선정: 신고 내용이 적정한지 정기적으로 검증

  2. 비정기 선정: 구체적인 탈세 혐의나 제보 등 특정 사유가 있을 때 실시

  3. 자료 분석: 국세청이 보유한 과세·금융 자료를 종합해 탈루 혐의를 포착

※ 상속세·증여세처럼 과세관청이 세액을 결정하는 세목은 이와 별도로 '결정을 위한 조사'가 이루어질 수 있습니다.

이 글에서는 각 선정 사유와 국세청이 참고하는 핵심 자료를 쉬운 말로 정리했습니다(2026년 10월 기준 일반적인 정보이며, 개별 상황에 따라 달라질 수 있습니다).

이런 분들께 특히 필요한 글입니다

  • 관할 세무서에서 세무조사 사전통지서를 받았는데, 정기조사인지 비정기조사인지부터 확인하고 싶으신 분

  • 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받은 적이 없어, 장기 미조사자로 정기 선정될 수 있는지 궁금하신 분

  • 수입금액 3억 원 이하 법인이나 간편장부대상 개인사업자로서, 소규모 성실사업자 정기조사 제외 요건을 알고 싶으신 분

  • 하루에 1,000만 원 이상 현금을 입출금할 일이 있어, 고액현금거래보고(CTR)가 세무조사로 이어질지 걱정되시는 분

세무조사란?

법률에서는 세무조사를 '국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동'으로 정의하고 있습니다. 국세청 내부 규정은 이를 조금 더 구체적으로 풀어, 각 세법의 질문조사권(또는 질문검사권)에 근거해 다음과 같이 진행되는 행위로 설명합니다.

  • 절차: 조사계획 수립 → 세무조사 사전통지 또는 세무조사 개시 통지 → 질문 및 검사·조사

  • 대상: 납세자, 그리고 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등

  • 내용: 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명함

세무조사의 종류를 알면 이유가 보입니다

일반적인 세무조사는 정기조사와 비정기조사로 나뉩니다. 만약 정기조사가 아닌 비정기조사를 받게 된다면, 정기 검증이 아닌 별도의 선정 사유가 있었을 가능성이 높습니다.

구분

주요 목적 및 특징

정기 세무조사

명백한 탈루 혐의가 없더라도 성실신고를 유도하고, 신고 내용의 적정성을 확인하는 차원의 조사

비정기 세무조사

납세협력의무 불이행, 거래 내용이 사실과 다른 혐의, 구체적인 탈세 제보, 명백한 탈루 자료 등 특정 사유가 있을 때 하는 조사

세무조사는 국세청 마음대로인가요?

세무조사를 받게 되면 상당 기간 국세청의 질문·검사에 대응해야 하므로 납세자에게 시간적·심리적 부담이 따를 수 있고, 조사 결과에 따라 세금이 추징될 수도 있습니다. 그래서 국세기본법은 세무조사권이 남용되지 않도록 다음과 같은 안전장치를 두고 있습니다.

  • 재조사 금지 원칙: 같은 세목·같은 과세기간에 대해서는 원칙적으로 다시 조사할 수 없습니다(명백한 탈루 자료가 있는 경우 등 법에서 정한 예외는 있습니다).

  • 법정 선정기준: 조사 대상을 선정하는 사유를 법에 정해 두고, 정기 선정은 객관적 기준에 따라 공정하게 하도록 규정하고 있습니다.

정기 세무조사의 선정사유는 다음과 같습니다

  1. 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우: 국세청장이 과세자료, 세무정보, 외부감사 감사의견·실시내용 등 회계성실도 자료를 고려해 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

  2. 장기 미조사자 검증이 필요한 경우: 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자 중 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려해 신고 내용이 적정한지 검증할 필요가 있는 경우

  3. 무작위추출방식에 의한 표본조사

💡 소규모 성실사업자는 정기조사에서 제외될 수 있습니다

개인 간편장부대상자 또는 수입금액 3억 원 이하 법인 중 복식부기 작성, 신용카드·현금영수증 정상 발급, 전자(세금)계산서 발급 등 법에서 정한 요건을 갖춘 소규모 성실사업자는 정기조사 대상에서 제외될 수 있습니다(객관적인 과소신고 증거가 있는 경우 등은 예외입니다). 요건 충족 여부와 제외 여부는 개별 상황에 따라 달라지므로, 개인사업자라면 개인 사업자도 세무조사 대상이 되는지 함께 확인해 보세요.

비정기 세무조사의 선정사유는 다음과 같습니다

  1. 납세협력의무 미이행: 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서·계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 의무를 이행하지 않은 경우

  2. 거래 내용이 사실과 다른 혐의: 무자료거래, 위장·가공거래 등의 혐의가 있는 경우

  3. 구체적인 탈세 제보: 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

  4. 탈루·오류의 명백한 자료: 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

  5. 금품 제공·알선: 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 금품 제공을 알선한 경우

※ 상속세·증여세처럼 과세관청의 결정으로 세액이 확정되는 세목은 위 사유와 별도로 세액을 결정하기 위한 세무조사(결정조사)를 할 수 있습니다.

국세청의 정보력: PCI 시스템과 FIU (2026년 10월 기준)

위 선정 사유에서 보듯이 탈세 혐의가 없더라도 무작위추출로 조사 대상이 될 수 있습니다. 하지만 한정된 행정력으로 세무조사를 하는 국세청은 보유한 자료를 최대한 활용해 탈루 혐의를 포착하려 할 수밖에 없습니다. 그래서 국세청이 어떤 자료를 검토하는지 알아두면 선정 과정을 미루어 짐작할 수 있고, 평소 신고와 거래 내역을 꼼꼼히 관리해 불필요한 오해를 줄이는 데 도움이 됩니다.

1. PCI 시스템 (소득-지출 분석 시스템)

  • 개념: Property, Consumption and Income Analysis System. 국세청이 납세자들의 소득탈루 여부를 점검하는 데 활용하는 대표적인 분석 시스템으로 알려져 있습니다.

  • 원리: 일정 기간 동안의 과세정보를 토대로 연도별 신고 소득금액, 취득·처분한 자산, 신용카드 등 소비지출을 함께 분석합니다.

  • 주의할 경우: 신고한 소득에 비해 취득한 자산의 규모가 크거나, 소득에 비해 지출이 많다면 세금을 탈루하지 않았는지 의심을 받을 수 있습니다.

자세한 내용은 PCI 시스템과 세무조사의 관계에서 확인하실 수 있습니다.

2. 금융정보분석원(FIU) 자료

금융정보분석원(FIU)은 금융기관으로부터 고액현금거래보고(CTR)와 의심거래보고(STR) 자료를 받으며, 조세탈루혐의 확인을 위한 조사 등에 필요하다고 인정되는 경우 이를 국세청에 제공합니다. 모든 보고 내용이 자동으로 국세청에 넘어가는 것은 아니며, 자료를 받은 국세청은 다른 자료들과 함께 분석해 세무조사 대상자를 선정하기도 합니다.

  • CTR (고액현금거래보고, Currency Transaction Report)

    • 기준: 같은 사람 명의로 하루 동안 합산한 현금 거래(입금·출금 포함)가 1,000만 원 이상이면 금융기관이 FIU에 보고합니다. 계좌이체는 CTR 대상이 아닙니다.

    • 쪼개기 거래: CTR 기준을 피하려고 금액을 나누어 거래하는 것으로 의심되는 경우에도 금융기관이 그 사실을 보고합니다.

    • 목적: 불법자금의 유출입이나 자금세탁 혐의가 있는 비정상적인 금융거래 차단

    • 현금 입출금과 계좌이체 이슈는 현금 입금과 계좌이체도 세무조사 대상인지 글에서 더 자세히 다뤘습니다.

  • STR (의심거래보고, Suspicious Transaction Report)

    • 기준: 금액 기준 없음. 수수한 재산이 불법재산이라고 의심되거나, 거래 상대방이 자금세탁·테러자금 조달을 하고 있다고 의심되는 합당한 근거가 있으면 지체 없이 보고합니다.

    • 보고되는 거래 예시: 거래 금액이나 거래량이 지나치게 크거나, 잔액에 비해 예금 회전이 지나치게 잦거나, 정상적인 계좌 활동 유형에서 벗어나는 거래

그 밖에도 국세청은 탈세 제보, 자체 수집한 과세정보자료 등을 데이터베이스화해 관리합니다. 모아 둔 정보는 어떤 계기가 생기면 함께 검토되어 해당 납세자의 탈루 혐의를 분석하는 데 활용될 수 있습니다.

세무조사 사전통지를 받으셨나요?

통지서를 받았다면 먼저 조사 대상 세목과 기간, 제출을 요구받은 자료를 정확히 확인하는 것이 중요합니다. 개별 상황에 따라 대응 방법이 달라질 수 있으니 전문가와 함께 점검해 보세요.

Comment세무법인 혜움

“세무조사 대상자로 선정되었다는 것은 딱 한 가지 이유만으로 설명하기는 어려우며, 위에서 언급한 여러 가지 측면에서 검토되어 선정되었다고 볼 수밖에 없습니다. 따라서 평소 성실하게 신고하고, 불필요하게 의심을 받을만한 금융거래를 피하는 등 세무조사를 받지 않도록 하기 위한 대비가 가장 중요합니다. 하지만 일단 세무조사를 받게 되었다면 우선 정기조사인지 비정기조사인지 여부를 확인하고, 국세청이 어떤 정보를 바탕으로 조사에 착수하게 되었는지를 가늠하는 것이 조사 대응의 중요한 포인트가 될 것입니다.”

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참고 및 출처

자주 묻는 질문

크게 정기 선정과 비정기 선정으로 나뉩니다. 정기 선정은 신고 내용의 성실도 분석, 일정 기간 이상 조사를 받지 않은 납세자에 대한 검증, 무작위 표본조사 등이 해당합니다. 비정기 선정은 납세협력의무 불이행, 무자료·가공거래 혐의, 구체적인 탈세 제보, 명백한 탈루·오류 자료가 있는 경우 등이 해당합니다. 상속세·증여세처럼 과세관청 결정으로 세액이 확정되는 세목은 결정을 위한 조사도 가능합니다. 소규모 성실사업자는 요건에 따라 정기조사 대상에서 제외될 수 있으며, 개별 상황에 따라 달라질 수 있습니다.

금융기관은 같은 사람 명의로 하루 동안 합산한 현금거래가 1,000만 원 이상이면 금융정보분석원(FIU)에 보고합니다. 계좌이체는 이 보고 대상이 아닙니다. FIU는 조세탈루혐의 확인을 위한 조사 등에 필요하다고 인정되는 경우 국세청에 관련 정보를 제공하므로, 모든 보고 내용이 자동으로 국세청에 넘어가는 것은 아닙니다. 의심거래보고(STR)는 금액 기준 없이 의심되는 합당한 근거가 있을 때 이루어집니다. (2026년 10월 기준)

※ 이 글은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개인별 세무·법률 상담을 대체하지 않습니다.

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